Mit folgenden Institutionen bestehen Kooperationsverträge:

• College of Social Sciences, Addis Ababa University (Äthiopien)
• Department for Social Anthropology, Addis Ababa University (Äthiopien)
• Department of Anthropology at the American University of Central Asia (AUCA), Bischkek (Kirgistan)
• Department of Cultural Studies, Faculty of History at Yerevan State University, Jerewan (Armenien)
• Faculty of Arts, University of Melbourne (Australien)
• Hawassa University (Äthiopien)
• Institut Fondamental d'Afrique Noire, Dakar (Senegal)
• Institute of African Studies, University of Ghana, Accra (Ghana)
• International University of Central Asia (IUCA), Tokmok (Kirgistan)
• Ivane Javakhishvili Tbilisi State University, Tiflis (Georgien)
• Iziko Museum, Kapstadt (Südafrika)
• Mekelle University (Äthiopien)
• Museum Volkenkunde, Leiden (Niederlande)
• Nasarawa State University, Keffi (Nigeria)
• Ngarinyin Aboriginal Corporation
• Point Sud, Bamako (Mali)
• Policy Research Institute of African Studies Association, New Dehli (Indien)
• Soprintendenza Archeologia della Lombardia (Italien)
• University of Mumbai
• University of Tsukuba (Japan)
   

In seiner Arbeit kooperiert das Frobenius-Institut mit folgenden Institutionen:

• Auswärtiges Amt der Bundesrepublik Deutschland
• British Museum (London)
• Center for Trans-Saharan Studies, Universität Maiduguri (Nigeria)
• Getty Conservation Institute, Los Angeles (USA)
• Goethe-Institut
• Institut für Ethnologie der Johann Wolfgang Goethe-Universität
• Museum der Weltkulturen der Stadt Frankfurt a.M.
• National Commission of Museums and Monuments (Nigeria)
• Point Sud, Zentrum für Forschungen zu lokalem Wissen, Bamako (Mali)
• South Omo Research Center, Jinka (Äthiopien)
• Universität Ouagadougou (Burkina Faso)